مشابه همه داروهای دیگر ، کپسول پی اسکلتون هم دارای عوارض جانبی است ، اگرچه تمامی عوارض در همه افراد دیده نمی شود. از مهم ترین عوارض جانبی می توان به موارد زیر اشاره کرد :
- ایجاد بوی چربی در آروغ زدن که با مصرف کپسول با غذا این مشکل برطرف می شود.
- در موارد نادر باعث ایجاد حساسیت نسبت به هریک از اجزای سازنده این محصول می شود.
- در موارد نادر باعث افزایش سطح آنزیم ها ی کبدی خون مثل آلکالین فسفات ها می شود.
- در موارد جزیی باعث درد معده و یا ایجاد اسهال می شود.
- با توجه به این که اطلاعات و داده های کافی برای اثرات تراتوژنیک و سمیت این فرآورده روی جنین وجود ندارد ، توصیه می شود که از مصرف این فرآورده در دوران بارداری و شیردهی خودداری شود.